Pavel Bouchal, PřF MUNI, Brno
Laboratoř nádorové proteomiky
Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta
Vedoucí: Doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
Web: http://www1.sci.muni.cz/cz/UBCH/Proteomika
Popis řešené problematiky:K hlavním výzkumným tématům v současné době patří:
- Studium molekulárních mechanismů metastazování solidních nádorů (nádory prsu, ledvin, endometria a další) s cílem identifikovat nové terapeutické a diagnostické cíle
- Proteotypování nádorových tkání pomocí proteomiky nové generace – hmotnostní spektrometrie v režimu datově nezávislého sběru dat („data independent acquisition“)
- Integrace proteomických a dalších „high-throughput“ přístupů (genomika, transkriptomika)
- Analýza interaktomu v souvislosti s vývojem nádorů a metastazování
- Funkční charakterizace vybraných prometastatických proteinů a jejich zapojení do signálních drah
- Vývoj a aplikace cílených metod pro rutinní kvantifikaci vybraných proteinů
Pracoviště využívá laboratoří tkáňových kultur, proteomiky, biochemie a molekulární biologie. Proteomické analýzy jsou postaveny na 1D, 2D a 3D technikách kapalinové chromatografie a vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie převážně ve spolupráci s CEITEC MU. K dispozici je výpočetní infrastruktura pro analýzu hmotnostně-spektrometrických dat.
Masarykův onkologický ústav Brno
ETH Zurich, Švýcarsko
Fakultní nemocnice Plzeň
University of British Columbia, Vancouver, Kanada
California Institute of Technology, Pasadena, USA
Marek Šebela, PřF UPOL, Olomouc
Oddělení biochemie proteinů a proteomiky
Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum
Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci
Vedoucí: Prof. Mgr. Marek Šebela, Ph.D.
Web: https://proteomika.cr-hana.upol.cz/
Popis řešené problematiky:Přední náplní pracoviště je hmotnostní spektrometrie v analýze proteinů. K dispozici je instrumentální vybavení pro separaci proteinů a peptidů doplněné hmotnostními spektrometry s ionizací MALDI a ESI. Využívá se běžných metod pro přípravu a přečištění vzorků. Provádí se rutinní identifikace proteinů, relativní a absolutní kvantifikace a analýza posttranslačních modifikací. Záběr je široký: od analýzy vybraného proteinu po mapování proteomů. Hmotnostní spektrometrie intaktních buněk a spor slouží k identifikaci mikroorganismů (oomycety, plísně, sinice, řasy). Studují se také enzymy, zejména rostlinného a mikrobiálního původu, např. dehydrogenasy, oxidasy a proteasy. Tyto enzymy se získávají izolací z jejich přirozených zdrojů nebo rekombinantní expresí příslušných genů. Jejich studium zahrnuje popsání molekulových vlastností, určení typických substrátů a inhibitorů, případně krystalizaci a strukturní analýzu. Hledá se rovněž praktické využití enzymů v potravinářské analýze. Nakonec je možné zmínit zkoumání metabolických drah pro biosyntézu a biodegradaci určitých metabolitů (např. rostlinných hormonů).
Branislav Večerek, MBÚ AV ČR, Praha
Laboratoř post-transkripční kontroly genové exprese
Mikrobiologický ústav AV ČR
Vedoucí: RNDr. Branislav Večerek, CSc.
Web: https://mbucas.cz/vyzkum/mikrobiologie-2/laborator-post-transkripcni-kontroly-genove-exprese/
Popis řešené problematiky:V naší laboratoři se zaměřujeme zejména na studium post-transkripční regulace genové exprese u lidského patogena Bordetella pertussis. Zajímá nás tedy především vztah mezi genovou expresí a produkcí či sekrecí proteinů a proto ve většině projektů používáme RNA-seq a LC-MS/MS metody. Tento přístup jsme například použili při charakterizaci regulonu RNA chaperonu Hfq či při globální omics analýze historických a současných českých izolátů B. pertussis. Proteomickou analýzu jsme využili i při identifikaci imunogenních antigenů B. pertussis pomocí imunoprecipitace s lidskými séry získanými z pacientů pozitivně testovaných na černý kašel. Jedním ze současných projektů je studium interakce mezi B. pertussis a lidskými makrofágy. Jako infekční model používáme diferencovanou monocytární buněčnou linii THP-1. Naše výsledky ukazují, že B. pertussis je schopná se adaptovat na prostředí uvnitř makrofágů a přežívat v hostitelských buňkách a naznačují tak, že intracelulární fáze může být důležitou součástí jejího infekčního cyklu.
Petr Vodička, ÚŽFG AV ČR, Liběchov
Laboratoř aplikovaných proteomových analýz
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, Liběchov
Vedoucí: Mgr. Petr Vodička, Ph.D.
Web: http://www.iapg.cas.cz/cs/laboratore/lab-aplikovanych-proteomovych-analyz/vyzkum/
Popis řešené problematiky:LAPA vznikla jako samostatná laboratoř v roce 2013 v rámci výzkumného centra PIGMOD. Ve výzkumu se zaměřuje na dvě hlavní biologické otázky. První je studium neurodegenerativních onemocnění na zvířecích a buněčných modelech hlavně Huntingtonovy nemoci a procesu diferenciace nervových kmenových buněk. Druhou hlavní oblast výzkumu představuje skupina nádorové biologie sledující mezibuněčnou komunikaci mezi buňkami nádoru a nádorového stromatu v rámci spolupráce s Centrem nádorové ekologie (CNE) a nádorovou imunologii na prasečím modelu maligního melanomu.
Tyto dvě výzkumné oblasti spojuje společný metodický přístup, založený na studiu buněčných populací, jejich proteomů a sekretomů pomocí protilátkových a na protilátkách nezávislých metod, jako je imunocyto a imunohistochemie, průtoková cytometrie, multiplexní imunoanalýzy a proteomika založená na hmotnostní spektrometrii. Další spojující oblastí je zaměření na využití miniaturního prasete jako zvířecího modelu.